A fundação da igreja e do antigo Mosteiro de São Pedro de Folques deve remontar ao século XI e a sua transferência para Folques foi autorizada em 1190 pelo Bispo de Coimbra, contudo pouco resta dessa época.
No final do século XVI o Mosteiro foi anexado à Congregação dos Cónegos Regrantes de Santa Cruz de Coimbra e em 1620 anexado definitivamente ao Colégio Universitário de Santo Agostinho.
De uma campanha quinhentista de obras ainda subsiste o claustro primitivo e a torre sineira com vãos manuelinos integrados (apesar de ser de construção posterior), enquadrados por edifício seiscentista. Existe também um segundo claustro do século XVIII. A ala Sul, a fachada e o lagar correspondem a remodelações do século XIX.
Em 1834, com a extinção das ordens religiosas, o Mosteiro passou para a posse da Marqueza de Valada que o utilizou como habitação. A igreja tornou-se paroquial. Entre 1850 e 1979, o Mosteiro conheceu vários proprietários, até que a Câmara Municipal de Arganil acordou a sua compra. Até ao início do século XXI este conjunto foi gerido pela Câmara e mais duas entidades que criaram o Centro de Formação Profissional para o Sector Interempresas da Beira Serra, entretanto extinto em 2004.
O conjunto edificado é constituído pela igreja e zona monacal. A parte mais antiga do Mosteiro organiza-se tendo por eixo os dois claustros. A restante parte corresponde às alas do alojamento. Existem também diversos edifícios anexos que tiverem funções de apoio à atividade agrícola.