En la ermita dedicada al Espíritu Santo, construida en 1522 (o un poco antes), se instalaron la primera iglesia de la ciudad y el hospital de Misericordia en 1592. En los siglos XVII y XVIII, la iglesia y el hospital fueron reconstruidos, dando lugar a la Iglesia del Espírito Santo (también conocida como Iglesia do Senhor dos Passos, o Iglesia da Misericórdia), de características barrocas.

Con la extinción de las ódenes religiosas en 1834, los servicios hospitalarios se trasladaron al Convento de São Francisco, de la ciudad. Durante el siglo XX, el antiguo edificio del hospital fue oficina de impuestos, tribunal y depósito de documentación.