Las primeras referencias al sitio de Juromenha datan de la segunda mitad del siglo IX. Durante más de doscientos años, este lugar fue considerado el bastión de defensa del área de Badajoz, perteneciendo desde el siglo X al Califato de Córdoba. En 1167 D. Afonso Henriques conquistó la fortaleza, pero volvería al dominio árabe en 1191 y la Corona portuguesa solo la recuperaría definitivamente en 1242. Más tarde, en 1312, D. Dinis ordenó la reconstrucción total de la fortaleza.
En el período posterior a la Restauración, debido a su importancia estratégica, la fortaleza medieval fue adaptada a la artillería del siglo XVII, siendo ejecutadas las obras siguiendo el plan escrito por el ingeniero Nicolau de Langres. A partir de 1662 y durante seis años, fue ocupada por las tropas del rey Juan de Austria, solo volviendo a la posesión de la corona portuguesa en la Paz General de 1668.
Con el terremoto de 1755, la fortaleza fue bastante afectada, principalmente el área de construcción del siglo XVII, siendo entonces reconstruida. También se construyó un fortín en las murallas junto al Guadiana, para atracar las barcas. Al inicio del siglo XIX, durante la Guerra Peninsular fue tomada por el ejército de D. Manuel Godoy, siendo solo recuperada en 1808. Después, progresivamente entró en decadencia, siendo despoblada en 1920. Más tarde, a partir de 1950, la DGEMN comenzó importantes trabajos de recuperación que se prolongaron hasta 1996.
La fortaleza, con planta de modelo poligonal, está formada por dos cinturones de murallas, uno interno, donde se encuentra la torre del homenaje, y otro externo, este de tipo bastión, con planta estrellada. En el espacio interior de la fortaleza se construyeron las iglesias de la Misericordia y la matriz, así como el antiguo Ayuntamiento y su cárcel, y una cisterna de planta rectangular que abastecía a la población.
Actualmente, en el interior del recinto amurallado se encuentran las ruinas de las dos iglesias, la cárcel y de los antiguos Ayuntamientos. En términos paisajísticos, la antigua fortaleza tiene una ubicación privilegiada con respecto al dominio visual de los territorios portugués y español.
